Theo các chuyên gia, khó khăn nhất trong việc thực hiện chương trình là nguồn kinh phí cấp từ ngân sách còn thấp, trong khi đối tượng của Chương trình rất rộng. Nhận thức của cộng đồng và DN còn hạn chế. DN không có vốn hoặc không tiếp cận được những khoản vay tín dụng ưu đãi cho các dự án TKNL. Nhiều DN dừng triển khai các dự án TKNL vì lý do tài chính, nhất là ngành thép và xi măng.

Cơ chế hỗ trợ cho các DN đầu tư thay thế dây chuyền công nghệ lạc hậu bằng dây chuyền công nghệ TKNL còn nhiều hạn chế. Theo quy định, mỗi DN chỉ được hỗ trợ 30% tổng vốn đầu tư và không quá 5 tỷ đồng là quá thấp so với tổng mức đầu tư, vì vậy không thu hút được các DN lớn tham gia. Sự kết hợp giữa các cơ quan ban ngành trong việc thanh tra, kiểm tra các DN thực hiện các quy định của Luật TKNL còn lúng túng. Giá năng lượng còn thấp so với khu vực cũng ảnh hưởng đến việc thực hiện các giải pháp TKNL. Nguồn lực tài chính, lực lượng chuyên gia kỹ thuật còn hạn chế nên kiểm toán năng lượng cho các DN để xác định các giải pháp TKNL, tư vấn xây dựng dự án, tìm nguồn tài chính cho các dự án còn yếu và thiếu.